У меня после установки апача сразу были доступны команды типа a2ensite для включения нового виртуального хоста и a2dissite для отключения. А сами файлы с настройками виртуальных хостов находятся у меня в /etc/apache2/sites-available/ Аналогичный принципе реализован и в управлении модулями апача. И реализовано это всё у меня в debian. Где-то такого может и не быть и поэтому расскажу принцип работы, а кто захочет, то у себя аналогично сделает.

На самом деле когда мы вызываем команду a2ensite myhost, то происходит просто создание символьной ссылки в папке /etc/apache2/sites-enabled/ на файл myhost в папке /etc/apache2/sites-avaliable/. Так же после запуска команды a2ensite myhost необходимо перегрузить конфиги апача. В debian это делается так: /etc/init.d/apache2 reload А при запуске этой команды апач просто подгружает в качестве конфигов все файлы из папки /etc/apache2/sites-enabled/. И таким образом включаются все ваши виртуальные хосты.